Pesquisas nos últimos 10 anos vêm localizando sítios arqueológicos de distintos períodos e origens na Ilha de São Luís, estado do Maranhão. Em resumo, as pesquisas estão concluindo que toda a região insular foi ocupada por grupos humanos sem indícios de abandon da região, por pelo menos 7 mil anos. Trata-se, portanto, de um local atrativo para os grupos humanos, sendo considerada um lugar persistente, ou seja, uma região onde as características naturais e culturais tornam-na propícia à ocupação e reocupação humana ao longo dos milênios, que podem ser marcadas por ciclos de abandonos e reocupações. Este artigo apresenta uma proposta metodológica que vem sendo aplicada pelo projeto de pesquisa Inventário de conhecimento dos sítios arqueológicos dos municípios da Ilha de São Luís, Maranhão: gestão territorial e zoneamento.